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nnInterAppose

3D 对象的半自动分割/注释

该插件在斐济的堆栈(3D)上安装并运行nnInteractive。 nnInteractive 根据用户放置的提示对 3D 对象进行支架。

/media/plugins/nninterappose/overview.png

该插件基于Appose,自动安装Python环境并允许使用与斐济共享的对象执行Python脚本。

##安装

您安装可以取消列表更新站点的插件Appose-Playground

  • 在斐济,请转至Help>Update...
  • 在打开的窗口中选择Manage Update Sites
  • 点击Add unliste update site,将其命名为Appose-Playground并写入其地址https://sites.imagej.net/Appose-Playground
  • 选择 nnInterappose .jar文件仅安装此插件,或保留所有建议的插件。
  • 完成后按Apply changes并重新启动Fiji。

You should have a recent version of Fiji, based on Java 21 or more. Download a new version here (Latest downloads column) if you’re current installation is too old.

##最合适

图像尺寸

图片必须是 3D(Z 切片或 T 帧)图片。 它不支持2D图像或3D+时间堆栈。 如果图像有多个通道,则仅使用当前活动的通道。

启动插件

从斐济出发:

-您打开要处理的图像。

  • 启动插件:Plugins>Annotation>nnInteractive
  • 等待插件和网络的初始化。如果需要,将安装一个新的 python 环境,激活它,然后在您的图像上初始化 nnInteractive。
  • 准备好后,将选择出现一个界面,让您一些选项,并且将出现一个新图像Composite,其中您的图像作为第一个通道,并且生成的分割将添加到第二个通道。

注释对象

插件初始化后,您可以通过放置提示(指示一些感兴趣对象的提示)来快速注释/分割 3D 对象,然后让 nnInteractive 定义 3D 精确模型。

该插件有多种模式:或者您分割​​一个对象,并为同一对象放置多个提示以更好地定义它,或者您想一次选择多个对象。

  • 选择:
    • One ROI by object:通过按对象仅放置一个提示(ROI)来同时执行多个对象。
    • All ROIs for one object:一次仅执行对象,并根据需要提供询问多的提示(ROI),以实现更精细的分割。提示可以是肯定的(这里有物体)或否定的(这里没有物体)。
  • 附近提示将其添加到RoiManager:按1添加正面提示,按2添加负面提示。

提示

相关可能出现的提示及其用法,请参阅nnInteractive

这里 Fiji 插件中,当前可能的注释选项有(稍后可能会添加其他 ROI,您也可以提交问题来要求添加一个):

  • 绘制 ROI -> nn 交互式边界框
  • 点 ROI -> nnInteractive 点种子
  • 线 ROI -> nn 风景画。在斐济开源,它可以是任何类型的线 ROI(单线、分段线或徒手线)。

/media/plugins/nninterappose/RoiToolbar.png

如果您希望提示是积极互动(请参阅 nnInteractive 文档),请按 1 将当前 ROI 添加到 ROIManager 作为积极互动。 对于否定提示(与All ROIs for one object模式相关),按2将当前选择添加到RoiManager作为否定提示。

正交景观

您还可以在可在图像顶部打开两个正交视图(XZ 和 YZ 堆栈)上放置提示。 这使得 3D 注释更加灵活。

快捷键是相同的:选择堆栈(XZ 或 YZ)并要添加提示的切片,不同的 ROI,然后按 1 进行正向注释,按 2 进行负向注释。

###片段 添加完成本次迭代的所有提示后,单击按钮Segment from ROIs,或按0并等待该过程完成。

新标签将添加到复合图像的第二个通道中。

默认情况下,您放置的所有提示(ROI)在计算后都会被删除,以便您可以开始另一个迭代(分割另一个对象)。 然而,当分割复杂对象时,可能需要迭代地添加提示,尝试分割,删除结果并添加提示来改进它。 为此,请选择选项keep ROIs,这样提示就不会被删除。 之后您仍然可以在 ROIManager 中手动删除它们。

##问题

如果您在使用插件时遇到问题,需要新功能,请在github repository上填写问题。请提供或者更多的详细信息。 您还可以在 imagesc forum 上发布新问题,并提及该问题与 nnInterappose 插件相关。

要在平台不满足时删除平台对象,请按Control并“左键单击对象”。