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现场 Kymographer

一个 ImageJ 插件,用于生成带有实时预览的 kymographs

kymograph 是表示单帧时空数据的图像 而动画不是。您将找到有关Generating and exploiting kymographs的信息 关于ImageJ教程。

ImageJ/Fiji 有几个内置功能来生成 kymographs,并且许多 插件也存在。我创建这个是为了收集我认为有用的功能 使用kymograph分析数据时:

  • 即将生成的kymograph的实时预览,还具有 时间轴上屏幕帧的指示
  • kymograph 注释工具,用于在 kymograph 中标记有趣的时间段 由许多事件的延迟生成。
  • 直接来源图像,标记时空 kymographs 中有趣的时间段的坐标。

备注参数将保存在表格中,方便您 后面可以导入ROI。另外,kymographs像素是根据 你的原始数据。像素宽度将对应于空间尺寸,而像素 高度将对应于帧间隔。

##缺少的功能:

  • 尚不支持从表中删除ROI。一种可能的方法 TrackMate on the Image.sc Forum的作者描述了此功能的实现。
  • 延伸到图像外部的宽 ROI 将具有不正确的像素值。
  • RGB 输入延迟会引发 ImageJ 错误。

欢迎贡献!

如何安装

您可以通过在 ImageJ/Fiji 中配置 Update Site 或手动安装来添加插件添加到您的 ImageJ/Fiji 安装中。

5次点击程序:最简单的方法是使用更新站点。

  • 如第 official ImageJ documentation 中所述,您可以在 ImageJ 的菜单中导航至Help > Update...
  • 然后单击Manage update sites按钮。
  • 在打开的列表中,找到名为 Live-Kymographer 的条目并显示其中一个。
  • 斐济现在将显示安装插件所需执行的更改。如果列表很长,我建议阅读 ImageJ wiki 上的 this page。否则,只需单击Apply changes
  • 重新启动ImageJ,就完成了。

手动安装:尽管该过程描述的步骤很少,但它需要您更多的自主权。使用这种方法,您可以安装任何版本的插件,但它不会被ImageJ自动更新。

  • 前往 GitHub 上的第 Releases page
  • 下载最新版本(或其他版本)的.jar文件。
  • 将文件复制到您的 ImageJ/Fiji 插件目录中。该目录位于您的 ImageJ/Fiji 安装中,但我无法告诉它在哪里,因为它依赖于系统。
  • 重新启动ImageJ,就完成了。