#关于
Java Image P处理 Pipeline (JIPipe) 是基于 ImageJ 的 visual programming language，旨在简化具有熟悉的 ImageJ 功能的宏的创建。
其特点包括…
- 来自 ImageJ 和流行插件的 1000 多个函数封装到节点中
- 手动策划
- Core ImageJ1 data types (Images, ROIs, tables) and filters/operations
- MorphoLibJ
- FeatureJ
- OMERO (basic functionality)
- Multi-Template Matching
- 手动策划
- 自动集成
- 附加功能
- Deep learning via Cellpose (prediction + training) (see documentation)
- Interactive forms (interactivity during manual analyses)
- Macro and Jython nodes (see documentation)
- Plots via JFreeChart (see documentation)
- Python and R via an environment system (dedicated processes; see documentation)
- Symbiotic relationship使用ImageJ：ImageJ可以通过宏/GUI执行JIPipe节点（JIPipe <-> ImageJ之间的数据传输可通过插件扩展）
- Graph compartmentalization 构建管道并配置更容易阅读
- 用于自动保存和加载结果的标准化data format（当前基于文件；替代仓库的API为available）
- 基于表格data management（约束表格以简化自动化数据处理）
- 数学expression language在各种节点中用于定制 *半支持吸附工作流程的高效内存full pipeline runs和data caching
- 跟踪所有依赖项（ImageJ 更新站点、JIPipe 插件）的格式项目，包括作者
- 文档功能有助于提高管道的竞争力并简化教学环境中的使用
- 可自由描述定制的节点名称和 HTML
- 注释以突出显示特定区域
- 书签
- 项目节点模板（存储节点模板在内部或全局范围内重复使用）
- 图权限（例如，阻止删除节点） *“项目概述”界面，包含自定义 HTML 描述、书签列表和可配置的参数引用列表、作者元数据和引文
- 用于自定义插件的 Java API（通过 SciJava 插件接口）（参见 documentation）
- 用于自定义节点的 GUI 编辑器（将任何管道转换为节点，以 JSON 格式创建插件；请参阅documentation）
安装
激活JIPipe更新站点并重新启动ImageJ。导航至 * 插件 > JIPipe > JIPipe GUI* 以启动 JIPipe。
第一次启动时，您可能会收到安装缺少的依赖项的提示。单击“解决”并按照说明进行操作。
我们还提供其他下载，包括适用于 Windows 和 Linux 的预制软件包，以及包含依赖项的 *.jar 文件on our website
文档
请访问 https://www.jipipe.org/ 获取（视频）教程和文档。
我们发布了多个分析真实生物图像数据集的示例项目on our website，包括……
*肺泡巨噬细胞和真菌对抗测定中吞噬测量的自动定量（经典图像分析）
- 检测皮升微流体内部的细菌生长（经典 + 通过 Cellpose 进行深度学习）
- 鼠肾 3D 光片荧光显微镜数据中肾小球的定量（示例数据从 700 个切片减少到 20 个切片）
- 测量纳米粒子进入肝细胞的管道
- 基于训练 Cellpose 的深度学习模型，以自动分割多光谱光声断层扫描 (MSOT) 数据中的组织
- 通过重叠追踪定量线虫毒性
