这是一组 ImageJ 插件,用于处理从电子显微镜获取的图像。目前主要关注 SEM 图像,但我将继续致力于简化 SEM 和 TEM 数据的图像处理。
组件和功能
单击下面的链接可了解有关每个工具的更多信息。
- [ SEM FEI metadata and scale ]从tiff标签读取FEI SEM采集元数据,并根据像素大小设置图像比例。
- [ SEM FEI databar cut ]从FEI SEM图像中剪切数据条,然后将图像和数据条保存为单独的文件。(页面准备中)
- [ SEM JOEL Scale ]根据与SEM图像关联的
.txt文件中存储的像素大小设置比例图像。 - [ SEM ZEISS metadata scale ] 从 tiff 标签读取 ZEISS SEM 采集元数据,并根据像素大小设置图像比例。
- [ SEM Hitachi metadata scale ] 即将推出…
- [ Image feature measurement annotation ]测量并标记特征尺寸。它在确定图像中注释线工具的长度并导出测量结果。
- [ Flat field correction ]对图像文件夹应用平场校正以进行大映射面积,以减少拼接后的国际象棋图案。 (页面准备中)
- [ TEM .ser .dm3 folder export ] 此工具将文件夹中的 TIA EM 图像
.ser文件和 Gatan.dm3文件转换为 TIFF 格式。
##安装
###通过ImageJ更新程序安装
- Fiji (Fiji Is Just ImageJ) 应安装在您的计算机上。
2.再次点击Plugins › Macros › Install…打开Updater。如果是第一次更新Fiji,可能需要一些时间来下载更新文件,并且可能还需要重新启动Fiji几次。完成后,单击Help › Update…即可显示ImageJ更新程序窗口。

3.点击“管理更新站点”。

4.找到并勾选“EM工具”,URL“https://sites.imagej.net/IMBalENce/”。
5.如果未显示更新站点,您可以通过单击手动添加站点。输入名称“EM tool”,URL“https://sites.imagej.net/IMBalENce/”

6.单击“管理更新站点”窗口上的,然后单击ImageJ Updater窗口上的。
7.更新完成后,重新启动Fiji。您应该能够在顶部工具栏看到安装的插件“EM Tool”。
手动安装
如果您选择使用其中一个插件,可以按照以下步骤操作:
1.这些宏脚本的来源代码可以查看on GitHub。
2.下载您想要的脚本。
-
将
.ijm文件保存在ImageJ应用程序中的所需位置。 -
转到Help › Update…宏添加,或将
.ijm文件拖放到ImageJ/Fiji上。