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肠道分析工具箱

破坏分析工具箱能够对肠壁(肠神经系统)内部的神经元和神经分裂进行半自动分析。它使用FIJI macrosStarDistCLIJ的组合 deepImageJ用于解释和分析。

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单击here to access the WIKI有关如何使用 GAT 的详细说明。

您还可以在Youtube上观看GAT教程。

您可以使用GAT 做什么: *肠神经元扩增的半自动分析:使用神经元标记Hu或任何具有类似标记的标记 标签

  • 将统计标准化为神经节数量。
  • 计算神经元亚型的数量,例如ChAT、nNOS等。
  • 邻近细胞数量的空间分析。
  • 钙钛矿理论分析:图像校准和标准化结果线
  • 按钮图像配准

参考

引用盖特:

Luke Sorensen、Adam Humenick、Sabrina S. B. Poon、Myat Noe Han、Narges S. Mahdavian、Matthew C. Rowe、Ryan Hamnett、Estibaliz Gómez-de-Mariscal、Peter H. Neckel、Ayame Saito、Keith Mutunduwe、Christie Glennan、Robert Haase、Rachel M. McQuade、Jaime P. P. Foong、Simon J. H. Brookes、 Julia A. Kaltschmidt、Arrate Muñoz-Barrutia、Sebastian K. King、Nicholas A. Veldhuis、Simona E. Carbone、Daniel P. Poole、Pradeep Rajasekhar;携带分析工具箱:自动定量分析占用神经元。细胞科学杂志,2024;jcs.261950。 doi: https://doi.org/10.1242/jcs.261950

要下载训练数据、笔记本电脑和相关模型,请访问以下 Zenodo 链接:

DOI