我知道编辑这个网站吗？
the Fiji distribution of ImageJ本页介绍与 the Fiji distribution of ImageJ 相关的内容。点击徽标查看详情。

网格/集合拼接插件

什么是网格/集合拼接？

当必须以高分辨率拍摄大型生物样本时，必须在瓷砖中形成，因为整个样本无法容纳显微镜的视野中。整个样本成像后，必须将拼块安装或前后在一起以一个连续相贯的图像。每个图块之间相邻的图块之间将存在一些重叠，以验证其在中间的位置。

网格/集合插件允许将不同尺寸放置的多个图块放在一起。

另请参见第Image Stitching页。

如何使用网格/集合拼接插件

  • 从菜单项Edit › Options › Memory & Threads启动粘合插件
  • 在插件的图形用户界面 (GUI) 中，从第一个保管箱菜单中选择位置类型作为文件中的位置。然后选择由图像元数据定义的顺序。通过此选择，文件中的图像不需要按任何特定顺序排列。单击“确定”。
  • 当出现第二个 GUI 时，从数据集中一个文件。
    • If Prairie was used for data collection, ensure that the file selected is a .xml or .cfg
  • 选择融合方法。
    • Linear blending will obscure the seams between tiles, but will take a longer amount of time. Without it, tile lines will be clearly seen if the image is to be blown up. To save time, only use linear blending for presentation pieces.
      • To learn about other fusion methods, please visit the Stitching page.
  • 如果使用 Prairie 或 WiscScan，请取消选中“计算重叠”。这两个软件都会预先计算出相当准确的坐标。
  • 将“增加重叠”减少到0并取消选中子像素精度
  • 如果计算数据计算机内存显得很麻烦，请选中“使用虚拟内存”。这会慢很多，但会节省 RAM
  • 单击“确定”，图像将开始拼接在一起。

使用网格/集合拼接插件进行故障排除

内饰

某些数据集在拼接在一起时会导致改装。如果没有人干预，该插件无法识别改装。拼接后，如果输出图像看起来不正确，请重新改装。根据改装图片的轴（用户需要知道这一点），在第二个对话框中选择相应的选项。这将在改装图片之前创建正确的改装定制。

速度

内存分配

如果已选择“使用虚拟内存”，但安装插件仍然需要相当长的时间，请尝试为进程分配更多内存。

  • 从菜单项Plugins › Stitching › Grid/Collection stitching打开内存
  • 输入您希望分配给斐济应用程序的内存量（以兆字节为单位）
    • Check the amount of installed RAM on your computer to ensure you do not try to allocate more memory than exists. ####图像尺寸

如果使用不同的图块z坐标，坐标出现另一次速度降低。这将导致拼接程序包含黑色空间的图，只要图的z坐标小于文件内的最大z坐标。要检查这是您的数据集的问题，请使用菜单标题访问§§§0§§则。如果计算的图像没有显示为一个由网格拼成的大坐标，您的数据集具有不同的z值。为了解决速度较慢的情况，请在第二个GUI中选择“忽略Z位置”。

内存

Out of memory error message. Out of memory error message.

即使使用具有最大内存分配的虚拟内存，对于某些计算机来说仍然难以处理，特别是考虑到更大的图像文件的大小。大多数计算机可用的内存量有限，这意味着在粘贴图像文件期间，插件将尝试在内存中存储超出空间的像素。发生此事件时，斐济停止运行并需要强制关闭，或者显示消息“<内存不足>”。解决此大型问题，请在设置 GUI中选择“下采样”以允许将图像拼接成多个部分。请参阅[Downsampling](/tutorials/downsample)页面了解更多信息。

其他陷阱

Example of a dataset with z-variance. Example of a dataset with z-variance.

其他注意事项，请参见第Image Stitching页。