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树突脊柱计数器

树突要点创建了一个自定义对话框来帮助神经科学家 其任务是在显微镜图像中计算树突棘的数量。 通过使用基于统计的数据来实现这一目标 计算机视觉算法部分 (以及任选)自动检测功能和组织 用户界面为用户提供快速便捷的输入方式, 合并、制成表格并保存数据。

它通过虚拟海报在线神经科学界首次亮相 2021年11月11日在2021 annual meeting of the Society for Neuroscience上的演示。 View the Neuroscience 2021 poster presentation

下载并安装插件

ImageJ的用户可以通过多种方式获取并安装Dendritic Spine Counter

使用ImageJ更新系统

获得树突支柱成分的最直接和“官方”的方法是 使用ImageJ现有的更新系统。这种方法将保留树突支柱支柱 只要您运行 ImageJ 时都会自动更新(假设您正在运行更新程序)。

在ImageJ的运行实例中显示(屏幕截图斐济): 1.点击“帮助” 1.点击“更新…” 1.点击“管理更新站点”

  1. 找到更新站点“Mighty Data, Inc.”,然后选中其门户的组件。它**自动显示在您的列表中。如果它出现在您的更新站点列表中,您可能需要添加它。您可以通过单击“添加更新站点”并输入以下信息来执行此操作:
    • Name: Mighty Data, Inc.
    • URL: https://sites.imagej.net/mightydatainc/
  2. 单击“关闭”,然后按照提示操作。您应该看到 ImageJ 下载多个 JAR 文件。之后,Dendritic Spine Counter 应该出现在您的插件列表中。

Dendritic Spine Counter installation via ImageJ Update.

来自 GitHub 版本

您可以从 GitHub 存储库下载最新的稳定版本。这个过程非常简单,但如果您关心Dendritic Spine Counter 是否获得新功能或错误修复,那么您必须主动记住自己下载新版本。

  1. the project’s release page上查找最新版本。 1.下载JAR文件。
  2. 将JAR文件移动到计算机上ImageJ安装目录的plugins子目录中。

Copying the JAR file to your plugins folder.

###你怎么知道它有效 执行任何下载和安装序列后,您需要重新启动ImageJ。重新启动后,可以在上述Plugins菜单中找到树突支柱分子

Dendritic Spine Counter resides in the Plugins dropdown.

用户手册

请阅读使用指南,详细了解如何使用该软件的特性和功能。

Dendritic Spine Counter Usage Guide

进一步阅读

白皮书

如果您希望在打算正式提交的研究中使用树突脊柱要点 在论文或演示文稿中,您可能需要知道它是如何工作的。幸运的是, 树突要点是特意使用非常简单的方法构建的 和经营原则。我们注意到了人工神经网络和其他机器学习技术 支持启发式和统计方法,提示神经科学家能够使用 能够自信地理解软件正在做什么以及如何做。

Dendritic Spine Counter Whitepaper

GitHub 项目页面

该项目托管在 GitHub 上。

Dendritic Spine Counter GitHub project page

ImageJ 插件

该项目主要通过 ImageJ 作为插件发布。我们维护一个插件页面 在 ImageJ 扩展列表中。

Dendritic Spine Counter ImageJ plugin page

神经科学学会 2021 年材料

树突积分作为虚拟海报在 神经科学学会2021年会。

Read the abstract

View the virtual poster presentation