BioVoxxel 3D 盒 (bv3dbox)
大多数已知的BioVoxxel Toolbox功能现在都可以在一个地方处理2D和3D图像。所有功能都很大程度上基于GPU计算,通过令人极其的CLIJ2 library插件。分割输出更多地基于标签(对象的强度编码)而不是ROI。这些标签可以像ROI一样与CLIJ2功能一起使用。此外,通过其他工具(例如§§7§§§)创建标签图像也适合使用标签的任何输入。

版本
功能和细节
所有功能均在此处详细描述:BioVoxxel 3D Box Github page
安装
BioVoxxel 3D Box 通过 BioVoxxel 3D Box (bv3dbox) update site 分发
引文
如果您使用此库及其函数来生成和发布结果,请考虑使用 DOI 确认并引用该工具箱。
问题
备注:目前仍是早期版本,在创建结果时应小心处理。请告诉我您遇到的任何issues!
https://github.com/biovoxxel/bv3dbox/issues
###致谢 BioVoxxel 3D Box 功能很大程度上基于 CLIJ 库系列。 因此,如果没有罗伯特·哈斯及其同事的努力,这种发展是不可能实现的。
罗伯特·哈斯、卢伊克·阿兰·罗耶、彼得·斯坦巴赫、黛博拉·施密特、亚历山大·迪布罗夫、乌韦·施密特、马丁·韦格特、尼古拉·马盖利、帕维尔·托曼卡克、弗洛里安·尤格、尤金·W·迈尔斯。 CLIJ: GPU-accelerated image processing for everyone. Nat Methods (2019)
J.Ollion、J.Cochennec、F.Loll、C.Escudé、T.Boudier。 (2013) TANGO:用于研究核组织的高通量 3D 图像分析的通用工具。生物信息学 2013 年 7 月 15 日;29(14):1840-1。 http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btt276
