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4d 工具

概述

4d Tools 是一组宏/插件，用于 (1) 将旧版 4d 数据集导入为电影（.MOV、.MP4、.AVI）； (2) 简化了 Imaris .IMS 和 Micro-manager 1.4/2.0 数据集到斐济的导入； (3) 最大强度投影的实验回放，作为重述传统 Perkin-Elmer UltraView 软件的粗略尝试。

理由

  1. 导入遗留数据集对于许多历史悠久的 C 很有用。例如，elegans 实验室拥有大量旧版 4d DIC 数据集（如 xytc 格式的电影）。对于这种老式方法，请参见： doi:10.1126/science.273.5275.603

  2. Micro-Manager 具有构建在 ImageJ 之上的集成播放机制，并且可以使用免费的多平台 Imaris 播放器，但在某些情况下直接导入 Fiji 是有用的，并且这些宏简化了日常工作的此过程。

  3. 奇怪的是，似乎没有一种简单的方法可以将 Z 切片的“范围”显示为 ImageJ/Fiji 中的最大强度投影。旧的 Perkin-Elmer Ultraview 软件具有此功能。

在斐济安装

使用 Fiji 更新站点管理器添加 4d-Tools 更新站点。更新后，斐济将新增五个菜单项：

4d 导入选项

斐济的“导入”菜单中将添加“4d”子菜单。此子菜单中将提供四个项目：

  1. 经典 4d AVI 到 Hyperstack： 将 4d AVI 视频导入为虚拟 Hyperstack。它查找与视频具有相同根名称的纯文本文件。如果没有找到，宏将询问焦平面的数量。
  2. 经典 4d 电影到 Hyperstack： 使用 FFMpeg 将 4d Quicktime .MOV 或 MPEG4 .MP4 视频导入为 4d 虚拟 Hyperstack。它查找与视频具有相同根名称的纯文本文件。如果没有找到，宏将询问焦平面的数量。 FFmpeg 在视频格式方面非常通用；对于经典的 QWuicktime 电影特别有价值，两个 MPEG 都会接受
  3. 经典 4d 电影到 Hyperstack 生物格式： 使用斐济内置的生物格式导入器导入 4d Quicktime .MOV 或 MPEG4 .MP4 视频作为 4d 虚拟 Hyperstack。它查找与视频具有相同根名称的纯文本文件。如果没有找到，宏将询问焦平面的数量。注意#1：由于 Bio-Formats 虚拟超级栈的问题，数据被加载到 RAM 中。警告对话框询问这是否可以。注意#2：由于历史原因，Bio-Formats 专注于 Motion JPEG B 编解码器（压缩.解压缩）格式。尝试导入 MPEG A 格式的视频将引发错误。
  4. 经典 4d 查看器到 Hyperstack： 使用斐济内置的生物格式导入器将经典 4d 查看器数据（.MOV 或 .mov 文件的文件夹）导入为 4d 虚拟 Hyperstack。它不使用 4d 查看器信息文件，而是简单地计算电影文件的数量，这些文件被假定为单独的焦平面。注意：此脚本仅显示电影数据；不支持显示注释/覆盖信息。
  5. PE AVI 到 Hyperstack：将从旧 Perkin-Elmer UltraView LCI 软件导出的一系列 AVI 导入斐济。 PE 软件不会用前导零填充文件名中的数字。除非在导入之前完成此操作，否则将会发生图像排序错误。有一些特定于平台的文件重命名应用程序可以执行此操作。对于 PE AVI，在斐济填充文件名的一种简单方法是Pad Image Names macro tool。
  6. PE TIFF 到 Hyperstack： 将使用旧 Perkin-Elmer UltraView LCI 软件生成的 TIFF 数据系列导入斐济。这实际上只是 Bio-Formats Importer 插件的包装，其中有几个通过脚本设置的参数。
  7. Imaris 到 Hyperstack： 使用斐济内置的 Bio-Formats Importer 将 Imaris .IMS 文件（HDF5 格式的变体）中最高分辨率的数据集导入为虚拟 Hyperstack。
  8. MM 图像到 Hyperstack： 使用数据集中的元数据将 Micro-Manager 1.4 或 2.0 数据集导入为虚拟 Hyperstack。
  9. 电影到 Hyperstack 宏工具栏 ImageJ 宏工具栏，可轻松访问此包中的脚本，以及 4d Hyperstacks 的工具栏导航按钮。

超级堆叠投影仪

新的“Hyperstack Projector”项目将添加到 Import › 4d › Classic 4d AVI to Hyperstack 子菜单中。运行此插件将尝试重新概括旧 Perkin-Elmer Ultraview 软件的功能，该软件在指定范围的图像上动态执行最大强度投影。该插件假设 4d Hyperstack 打开，并暂时用自定义窗口替换堆栈窗口，该自定义窗口允许指定要投影的焦平面数量。关闭窗口将恢复原始堆栈窗口。

注意：这个插件是极其实验性的。已安装的 .JAR 文件中的代码可能会得到大幅改进。

用法

经典 4d AVI 到 Hyperstack

  1. 选择菜单Image › Hyperstacks。
  2. 指定视频文件。
  3. 如果未找到包含焦平面信息的文本文件，请指定焦平面的数量。
  4. 数据集将作为虚拟超栈加载。
  5. 应该可以看到包含焦平面和时间点信息的窗口。

经典 4d 电影到 Hyperstack/经典 4d 电影到 Hyperstack 生物格式

  1. 选择菜单Import › 4d › Classic 4d Movie to Hyperstack Bio-Formats或Import › 4d › Classic 4d Movie to Hyperstack。
  2. 指定视频文件。
  3. 如果未找到包含焦平面信息的文本文件，请指定焦平面的数量。
  4. 数据集将作为虚拟超栈加载。
  5. 应该可以看到包含焦平面和时间点信息的窗口。

经典 4d 查看器到 Hyperstack

  1. 选择菜单Import › 4d › MM Images to Hyperstack。
  2. 指定包含焦平面影片的目录。
  3. 数据集将作为虚拟超栈加载。
  4. 应该可以看到包含焦平面和时间点信息的窗口。 注意：此脚本仅加载电影数据；不支持注释/覆盖信息。

PE AVI 到 Hyperstack

  1. 运行脚本将警告用户文件名必须用数字填充（…001.avi - …010.avi 等与 ..1.avi - …010.avi）。 PE软件没有填充文件名。对于 PE AVI，在斐济填充文件名的一种简单方法是 Pad Image Names macro tool。
  2. 指定第一个AVI。
  3. 该脚本将检查文件名，猜测每个 AVI 是否是一段时间内的单个焦平面，或者是否是单个时间点的 Z 堆栈，并填充一个对话框，允许用户确认数据结构。
  4. 数据集将作为虚拟超栈加载。

PE TIFF 到 Hyperstack

  1. 指定数据集中的第一个 TIFF。
  2. 数据集将作为虚拟超栈加载。

MM 图像到 Hyperstack

  1. 选择菜单Import › 4d › Classic 4d Viewer to Hyperstack。
  2. 指定数据目录。
  3. 数据集将作为虚拟超栈加载。

Imaris 到 Hyperstack

  1. 选择菜单Import › 4d。
  2. 指定数据文件。
  3. 数据集将作为虚拟超栈加载。

电影到 Hyperstack 宏工具

/media/4d_macro_tool.png

  1. Movie to Hypersrtack 宏工具将作为 ImageJ 工具栏中的一个选项提供（单击 » 按钮查看可用工具栏列表）。
  2. 选择“Movie to Hyperstack”将加载工具栏。单击最左侧的按钮可以轻松选择 Import › 4d › Imaris to Hyperstack 子菜单中的脚本。
  3. 将鼠标悬停在其他按钮上会提供其他按钮的说明，这些按钮允许从工具栏通过 Hyperstacks 进行标准导航。

超堆栈投影仪

  1. 在最前面的窗口中显示 4d Hyperstack，选择菜单Import › Hyperstacks › Hyperstack Projector。
  2. Hyperstack 窗口将替换为自定义窗口。
  3. 在“d”文本字段中输入以当前焦平面为中心投影的焦平面数。
  4. 将显示以当前 z 平面和时间点为中心的运行投影。
  5. 使用“z”滑块在空间中上下导航，使用“”>”滑块在时间上向前和向后导航。单击“v”按钮将播放影片，如果选中“循环”复选框，则影片将循环播放。

其他信息和支持

样本数据可以从Hardin Lab microscopy page下载。