2014-08-27 - TrackMate v2.5.0 发布

我们很高兴地宣布 TrackMate 版本 2.5.0，但不是每次都是这样吗？

该版本主要对LAP tracker进行了彻底重写，在速度性能和内存使用方面带来了重大改进，对TrackScheme的UI进行了一些增强。

新的圈速追踪器

我们重写了LAP跟踪器，并且这个版本发布了它。它提供（几乎完全）与之前版本相同的结果并具有相同的设置，但使用我们通常的生物理论中使用成本矩阵的稀疏结构来实现更好的内存使用。让我们快速回顾一下如何进行。

Jaqaman 等人[^1]提出的LAP跟踪框架基于生成一个大型成本矩阵，其中包含在物理合理范围内将所有可能的点链接到另一个点的成本。然后活动器找到使总成本最小化的链接。

在某些情况下，当允许轨道合并和分割时，生成的成本矩阵将模型的几乎所有点作为行，将模型的几乎所有点作为列。即使这些成本几乎是无限的（不可能因为链接，它们相距太远，不合适的框架中，等等……）它们仍然占用了大部分内存。当成本矩阵必须通过替代成本来完成时，情况会变得最糟糕。大块内存的大量移动可能导致程序崩溃并显着减慢速度。

答案是使用一种利用问题稀疏性的数据结构以及结构处理的算法，这就是这个版本带来的。当然，如果这个新的跟踪器针对内存使用进行了优化，则以原始速度为代价。然而，实际上似乎并没有看到这种成本。

对于 20k 秒点模型（甚至不算大），允许所有事件，旧版本使用的内存达到 10 GB。这太疯狂了。新版本占用 230 MB topx。还有一个额外的好处：通常稀疏版本应该花费更多时间，但实际上并非如此；内存操作增加了旧版本的性能：需要 40 。而稀疏版本需要18秒。还有第二个好处：主要时间花在创建矩阵上。但在稀疏版本中，可以轻松地创建多线程。因此，成本，使用24个线程（使用超线程）时，跟踪时间总共将至4秒。

我们推出了新版本的跟踪器，对于中型模型来说，速度提高了10倍，占用的内存减少了40倍。对于小型模型来说可能会更长（但无论如何你都感觉不到），对于中型模型来说要快速修剪，并且使大型模型易于安装这个。很酷，但说实话，大多数现代跟踪软件已经提供这个功能很长时间了。

与版本存在微小差异，特别是在处理成本阈值的方式上，这使得新跟踪器给出的结果与旧版本类型并不严格。例如，在中型号上，创建两个跟踪器的99.73%的链接是通用的。因此我们并没有丢弃旧版本的跟踪器，而是用一个“旧”重新命名。您仍然在TrackMate中找到它，如果您从XML文件加载，将会被正确设置。