TrackMate_ 的新次要版本已发布。此页面列出了用户可见的更改。
2.2.0版本主要关注可扩展性、跟踪性能和检测精度。
####亮点
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主要跟踪性能改进：LAP跟踪器现在基于速度Jonker-Volgenant活动器，其性能比我们之前使用的Munkres-Kuhn更好。我们的初步测试报告称，这个新版本的运行提高了2到4倍。
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LoG检测器中发现了一个主要问题：由于严重的舍入托盘，LoG检测器的行为并不像真正的LoG检测器，这严重阻碍了其准确性和功效。问题现已解决，检测器的准确性已大大提高。现在，使用此检测器时，您应该观察到更好的结果：杂散出现、突然尺寸更加清晰、对微弱显现的一致性更好。相反，DoG 架构现在可以更好地处理图像边缘的浮现。当然，与 v2.1.1 相比，结果会看到不同。
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我们还利用ImgLib2中的最新进展从头开始重写所有陷阱。这促使检测过程的性能得到重大改进。以下是快速基准测试的结果：
| v2.1.1 | v2.2.0 | 加速因子 | ||
|---|---|---|---|---|
| 用于 2D 图像的 LoG 支架 | 13.4秒 | 1.2秒 | x11 | |
| 用于 2D 图像的 DoG 支架 | 3.5秒 | 1.1秒 | x3 | |
| 用于 3D 图像的 LoG 支架 | 291s | 291s 291秒 291秒 18.2秒 | x15 | |
| 用于 3D 图像的 DoG 支架 | 21.6 秒 | 15.1秒 | x1.4 |
（该基准测试是利用ISBI挑战数据集完成的）。您可以找到更多基准here。
- 完全重写我们在TrackMate中处理模块的方式。TrackMate现在使用SciJava机制并利用其模块自动发现。实际上，现在扩展TrackMate非常容易，而且在任何事情上都不再依赖我们。我们可能会完全消失，您仍然可以扩展TrackMate以满足您的任何需求，而不需要我们的帮助。几个tutorials描述了如何实现这一点。这就是SciJava团队的巨大努力。谢谢他们！
改进
- 在TrackScheme中，可以使用键盘来导航曲目：
- UP: previous spot in time.
- DOWN: next spot in time.
- LEFT: next sibling within the same track
- RIGHT: previous sibling within the same track
- PAGE-DOWN: jump to next track, same frame
- PAGE-UP: jump to previous track, same frame
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在大型模型上启动第§§2§§§时的主要性能改进。
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在TrackScheme中选择/取消选择时的主要性能改进
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3D 查看器现在与手动修改同步。对模型所做的任何编辑都会立即在 3D 查看器上回显。这是有代价的：3D 查看器无法有效地用于非常大的模型。
- 用户现在可以定义绘图深度*显示设置，该设置我们相似模型的 Z 切片数量。对于非常厚的样本准备来说，所有 Z 上的所有相似数据性可能会变得更加混乱。
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大型模型，主视图上的报表显示进行了小幅改进。
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如果用户向 TrackMate 提供的堆栈没有大量 Z 切片的点，则警告用户。这是我们收到不相关错误报告的主要因素之一：默认情况下，ImageJ 认为多个图像文件全部由 1 个时间点和许多 Z 切片组成。而用户则希望 TrackMate 提供由多个 2D 飞机飞行时间拍摄完整的电影。我们现在警告用户，中存储的维度可能不是他们期望的时间。
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承载多线程。在此版本之前，TrackMate在检测过程中要通过以下方式进行多线程处理：我们在封闭多线程上运行检测过程，并且每个线程使用1个线程处理帧。如果我们有大量线程，但帧数很少（例如1个帧，24个线程），则这不是最佳选择。版本修复了这个问题：如如果我们有10个线程和15个帧处理，我们会一次处理10个帧，并为每个帧分配1个线程。但是，如果我们有10个线程和2个帧，我们就会同时处理2个帧，而如果可以的话，为每个帧分配5个线程。当然，要实现这一点，检测器必须是多线程的，我们现在推出的检测器就是这种情况。
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TrackMate现在可以加载部分TrackMate文件，并且仍然显示它可以检索的所有信息，而不是生成错误并退出。如果您包含包含模型部分但不包含设置部分的文件，这非常有用。
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改进了加载文件时的用户消息提交。
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点可以根据它们所在轨道的特征来着色。
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对大型模型的点、边缘和图形着色的内存管理稍好。
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计算直方图时GUI不会冻结。
错误修复
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修复了DoG的一个重大错误，导致无法将其与ROI一起使用。
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修复了使用 3D 查看器作为 TrackMate 主视图时触发的小警告。
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在GUI中刚性导航时，模型会在合理时被清除。这样是为了避免“幽灵”结果在未处理的图像上透明。
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修复了TrackScheme中缩放和装饰的多个问题。高效地导致了简单的样式和某些修复级别的重置消失的错误。缩放现在应该更多，并提供更多的缩放级别。
Jean-Yves Tinevez 05:32, 19 March 2014 (CDT)
