在 2012 年 IEEE 生物医学成像研讨会 (ISBI) 上,Erik Meijering 和 Jean-Christophe Olivo-Marin 领导的团队组织了一场盛大的粒子追踪挑战赛。
在48个数据集上对荧光显微镜图像中的对象跟踪和探针跟踪的14种流行算法和软件实现了调查比较,这些数据集模拟了不同对象的密度和质量(SNR)的病毒图像、核内体、单一受体和微管依赖运输的运动。
结果今天发表在开放获取文章中:
N.切努阿德、I.小、F.德·肖蒙、M.马斯卡、I. F.斯巴尔扎里尼、Y.孔、J.卡迪纳尔、C.卡塞尔、S.科拉鲁皮、M.冬天、A. R.科恩、W. J.戈迪内斯、K.罗尔、Y.卡莱齐迪斯、L.梁、J.邓肯、H.沉、Y.徐、K. E.G.马格努森、J.贾尔登、H. M.布劳、P.保罗-吉洛托、P.鲁多、C.克尔夫兰、F.瓦哈特、J.-Y。 L.肖特、J.威廉斯、K.塞勒、G. P. van Wezel、H.-W.丹,Y.-S。 Tsai, C. O. de Solorzano, J.-C.奥利沃-马林和 E.梅杰林。粒子追踪方法的侦听比较自然方法,11(3):281–289,2014。http://www.nature.com/nmeth/journal/v11/n3/full/nmeth.2808.html
Ivo Sbalzarini 在斐济 MOSAICsuite 中实现的跟踪算法(论文中的“方法 1”)得分非常高。在许多情况下,它是性能排名前三的方法之一,而且速度非常快(参见论文中的图 3)。在最初设计的情况下表现得特别好:病毒的无先随机验运动。此外,由于斐济的系统集成,其图形用户和界面的参数使得特别易于使用。
在比赛结果的推动下,我们目前正在使用额外的运动模型来扩展算法,用于定向和恒速运动,这将进一步提高性能,例如在“微管”数据集上的性能。即将推出的新版本,将通过 MOSAIC 斐济更新网站发布!
该算法最初发布于:
I. F. Sbalzarini 和 P. Koumoutsakos。细胞生物学中视频分析的特征点跟踪和趋势分析,结构生物学杂志 151(2):182-195, 2005。