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2014-01-25 - 斐济 MosaicSuite

斐济项目的任务主要之一是先进的计算机视觉算法引导生物学家的操作因此。,视觉计算机研究人员有必要向该平台贡献他们的算法和插件。

这个过程已经开始,一个例子是图像处理算法的 MosaicSuite,由 Ivo Sbalzarini 领导的 MPI-CBG in DresdenMOSAIC group开发。该套件包括用于分割、粒子跟踪等的工具。这些论文中描述了一些算法:

Shivanandan, A.、Radenovic A.、Sbalzarini I. F. MosaicIA:用于空间模式和交互分析的 ImageJ/Fiji 插件 BMC 生物信息学,14,第 1-10 页,(2013)

A.里兹克、G.保罗、P.因卡尔多纳、M.布加尔斯基、M.曼苏里、A.尼曼、U.齐格勒、P. Berger 和 I. F. Sbalzarini。 使用 Squassh 对荧光显微镜图像中的亚细胞结构进行分割和定量。 Nature Protocols,9(3):586–596,2014。

G.保罗、J. Cardinale 和 I. F. Sbalzarini。 耦合图像恢复和分割:广义线性模型/Bregman 视角。 Int。 J. 计算机。视觉,104(1):69-93,2013。

J.卡迪纳尔、G. Paul 和 I. F. Sbalzarini。 未知数量连接区域的分段区域竞争。 IEEE Trans。图像处理,21(8):3531–3545,2012。

J.A.赫尔穆斯、G. Paul 和 I. F. Sbalzarini。 超越共定位:从显微镜图像推断亚细胞结构之间的空间响应。 BMC 生物信息学,11:372,2010。

I. F. Sbalzarini 和 P. Koumoutsakos。 细胞生物学中视频推理的特征点跟踪和趋势分析,《结构生物学杂志》151(2):182-195, 2005。

有关如何安装工具、文档和开发人员信息的所有信息请在MOSAIC group website上找到。

这些插件可在斐济通过专门的 update site 获得。

我们期待MOSAIC团队未来做出更多贡献。