2012-04-09 - ImageJ v2.0.0-beta1

今天，ImageJDev 团队很自豪地发布了 ImageJ2 的第一个测试版，版本 2.0.0-beta1！

ImageJ 2.0.0-beta1 是“beta”质量版本，这意味着代码尚未完成。该设计比以前更加稳定，但在最终的 2.0.0 版本发布之前仍可能发生变化。建议人们继续使用 ImageJ v1.x 进行关键工作。

使用下面的链接或从 Downloads page 下载，其中也有未来版本的时间表。

ImageJ2 用户界面尽可能模仿 ImageJ v1.x。然而，从本质上来说，ImageJ2 是对 ImageJ 的彻底重新设计。它通过捆绑最新的 v1.x 代码并在“传统”和“现代”图像结构之间进行转换，提供与旧版本 ImageJ 的向后兼容性。

功能概述

该测试版仍然存在许多错误和限制，但我们已经实现了几个重要的里程碑：

• 支持大多数 ImageJ 1.x 插件和宏
• 许多新的像素类型（感谢ImgLib2）
• 超越 5D 的多维数据（感谢 ImgLib2）
• 导入和导出所有 SCIFIO 支持的文件格式
• 改进的感兴趣区域 (ROI) 工具
• 真正的无头：图像处理与用户界面分离
• 自动更新：下载 beta1 后，ImageJ 可以自行更新
• 轻松安装其他插件，包括斐济（超过 350 个插件！）
• 到目前为止 175 个新的和/或重新实现的核心 ImageJ2 插件
• 修复了 125 多个错误

已知错误

许多旧版 ImageJ 插件和宏都可以使用；许多其他人则不然。仍有许多错误需要修复 - 请参阅第 complete list on the ImageJ Trac 了解完整详细信息。

此外，还有一些关于 2.0.0-beta1 的具体问题：

• 在 Windows 和 Linux 上，您必须已安装 Java； ImageJ2 不与 Java 捆绑在一起，也不会为您下载。
• 在 Mac OS X 10.5 Leopard 上，存在一个错误，导致 ImageJ2 无法成功启动。该错误将在下一个测试版本中修复，并且已经在开发版本中修复。
• 在 Windows 上，当 ImageJ2 首次启动时，会出现一条控制台消息（“回退到系统 Java”），该消息仅提供信息，可以安全忽略。该消息在下一个测试版本中将不再显示，并且已在开发版本中修复。

测试版中有哪些新内容

我们在第 a previous blog post 中描述了 ImageJ2 软件设计，其中涵盖了应用程序功能（针对用户）和 API 设计（针对开发人员）。那里讨论的所有内容对于 2.0.0-beta1 仍然适用。但第一个测试版还添加了几个重要的新功能：

ImageJ 更新程序

The ImageJ Updater, accessible from the Help › Update… command in the menus, is the central mechanism by which users can install new plugins into ImageJ2, as well as keep installed plugins up-to-date. It was adapted and improved from the Fiji Updater, which serves a similar function for the currently available version of Fiji.

从现在开始，我们将通过更新程序部署 ImageJ2 的未来版本，这意味着您无需从网站手动下载或安装新的应用程序包。相反，当版本 2.0.0-beta2 及更高版本发布时，运行 ImageJ Updater 会将您的安装升级到新版本。

此外，ImageJ Updater 的实用性不仅限于升级 ImageJ 本身及其内置插件。 ImageJ2 允许您访问其他更新服务器，每个服务器都提供自己的插件集合。任何人都可以创建更新站点并向其上传自己的插件，从而使整个 ImageJ 社区可以轻松使用它们。通过这种机制，插件作者可以轻而易举地发布其插件的更新，这些插件的用户将通过更新程序自动接收这些更新。有关更多详细信息，请参阅斐济 wiki 上的How to set up and populate an update site。

安装斐济插件

ImageJ2 更新站点的结构与 Fiji 更新站点的结构相同。因此，如果您已经设置了可通过 Fiji Updater 访问的更新站点，那么您的站点也将在 ImageJ2 中开箱即用。由于 ImageJ2 的遗留层允许执行旧版 ImageJ 1.x 插件和宏，您的更新站点上可用的许多或所有插件将继续工作！

You can install the entire Fiji plugins collection into ImageJ2, by adding the Fiji update site. Choose Help › Update… from the menu, click Advanced Mode, Manage update sites, then Add, type Fiji for the name, and for the update site URL, enter:

安装 Fiji 插件并重新启动 ImageJ2 后，它们就可以使用了。例如，在左侧，我们看到使用斐济的 3D Viewer 以 3D 方式可视化的 T1 头样本图像。

Fiji 发行版中有超过 350 个插件，能够将它们全部引入 ImageJ2 是朝着与 ImageJ 1.x 完全向后兼容迈出的一大步。当然，我们没有时间彻底测试所有这些插件，但许多插件应该可以工作，对于那些不能工作的插件，我们欢迎bug reports。

Another example can be seen on the right: the Bio-Formats Importer plugin was used to import a file in Applied Precision DeltaVision DV format. The data is displayed in composite color mode with OME-XML metadata visible in its own window.

It is possible to install additional plugins from third party Fiji update sites as well. For example, on the left, we see the VisBio Ortho Stack plugin, installed in ImageJ2 from the LOCI Fiji update site, visualizing part of the MRI Stack sample dataset.

ImageJ 启动器

Fiji 的另一个非常有用的部分是 Fiji Launcher，用于调用 Java 来启动 ImageJ 的本机可执行文件。虽然 ImageJ 1.x 的启动器多年来不断改进，并具有一些有用的功能，但 Fiji 启动器还有更多功能。与 ImageJ2 Updater 类似，新的 ImageJ2 Launcher 适应并改进了 Fiji Launcher，使其成为核心 ImageJ2 发行版的一部分。

On the right, the executables corresponding to ImageJ2’s target platforms are shown. ImageJ-win64.exe and ImageJ-win32.exe are launchers for ImageJ2 on Windows in 32-bit and 64-bit modes, respectively. Similarly, ImageJ-linux64 and ImageJ-linux32 are the corresponding launchers for Linux. ImageJ-macosx is the Mac OS X launcher for 32- or 64-bit Intel systems, while ImageJ-tiger is the launcher for Mac OS X 32-bit universal binary (Intel or PPC).

在 Mac OS X 上，双击 ImageJ2 图标会启动 ImageJ-tiger，它会检查您的系统规格。如果您的系统与较新的 ImageJ-macosx 启动器兼容，则会自动调用它；否则，ImageJ-tiger 直接调用 Java。将来，我们可能会以类似的方式组合 Windows 和 Linux 两个启动器，但目前提供单独的可执行文件更简单，以便用户可以轻松、明确地选择要使用的 Java 版本。

这种方法还允许 ImageJ2 作为单个应用程序包进行分发，而不需要根据您运行的操作系统下载不同的存档。您甚至可以将 ImageJ2 托管在可从多个不同操作系统访问的共享网络驱动器上，所有操作系统都来自同一基本安装，因为 ImageJ2 将其设置存储在每个用户文件夹中，而不是尝试写入自己的基本目录（由于安全考虑，这通常会失败）。

更好的图像 I/O

ImageJ2 使用 SCIFIO（科学图像格式输入/输出）库（Bio-Formats 的核心）来读取和写入磁盘上的图像文件。这样做为图像 I/O 提供了一个统一的、可扩展的解决方案，以及一种定义的方式来添加对新文件格式的支持，这些新文件格式不仅适用于 ImageJ2，而且适用于 any software package that uses SCIFIO and/or Bio-Formats。

光谱读数可视化

In tandem with the ImageJ 2.0.0-beta1 release, we are releasing a new alpha version of SLIM Plugin, a plugin for time-domain analysis of spectral lifetime data. It is currently available for Fiji and ImageJ2 as part of the LOCI Fiji plugins.

此初始版本是 alpha 质量，不满足正式的工作。它是为 ImageJ 1.x 编写的，目前不适用于 ImageJ2；但是，未来的版本将专门为 ImageJ2 编写。 ###无头图像处理

在最近的Fiji/ImageJ2 hackathon中，我们重点关注ImageJ2和其他几个套件之间的互操作性，包括KNIME、Icy和OMERO插件。由于ImageJ2将图像处理逻辑与界面完全隔离，因此每个用户项目都可以为调用ImageJ2提供强大的支持。

• CellProfiler - 包括对将 ImageJ2 插件作为管道的部分执行的支持。 CellProfiler 构建一个用户界面来收集其插件输入参数，就像本机模块所做的那样，将信息输入给 ImageJ2 然后执行。插件完成运行后，结果将转换回 CellProfiler 数据结构。
• KNIME - KNIME Image Processing节点添加了对KNIME内图像处理的支持，包括使用ImgLib2的NVI图像处理，以及对作为KNIME流程工作部分运行ImageJ2插件的护理支持。
• OMERO - 对在 OMERO.insight（客户端）内执行 ImageJ2 插件的实验性支持，以及在 OMERO.server（服务器端）内执行的初始步骤。

Maven工件

我们已将 ImageJ2 和 ImgLib2 的组件全部作为 Maven 工件发布，可从 SciJava Maven repository 获取。 ImageJ2 的 groupId 是“net.imagej”，ImgLib2 的 groupId 是“net.imglib2”。

有关与该版本相关的 Maven 工件的更多信息，请参阅this technical note。

ImageJ2 解决

You may have noticed the new microscope logo for ImageJ2. This image is not the final logo. The plan is to solicit community submissions for a logo, then vote on the mailing list to decide. The current logo is a placeholder image being used during the beta phase of development.

有关的更多详细信息（包括来源和设计来源），请参阅this readme。

路线图和未来方向

我们完成了巨大的工作来记录我们正在做的工作以及需要做的事情，以通过提供强大且功能齐全的ImageJ2。所有任务均由我们的Trac问题跟踪系统跟踪，您可以多种方式查看：

• Roadmap - 未来版本的硬件概述，包括每个版本的进展
• Active Features by Milestone - 每个未来版本的高级功能列表
• Active Bugs - 已知错误的完整列表
• Active Tickets by Milestone - 每个未来版本剩下要做的所有事情的完整列表

如果您对开发的特定部分感兴趣，您还可以执行自定义查询以进一步细化结果。

谢谢

感谢您对 ImageJ2 的兴趣！请give it a try，并随时report any bugs you find！